Η περιοχή του Φρενάρου είχε κατοικηθεί, από τα Προϊστορικά χρόνια, γεγονός που αποδεικνύεται από την ανεύρεση Νεολιθικού οικισμού. Συγκεκριμένα, στην τοποθεσία «Βουνιστήριν», στα βορειοδυτικά του χωριού, βρέθηκαν κατάλοιπα της Νεολιθικής Εποχής μετά από μικρής έκτασης ανασκαφή που διενήργησε ο αρχαιολόγος Ε. Gjerstad, το 1925. Στην ετήσια έκθεση του Τμήματος αρχαιοτήτων του 1934 αναφέρεται πως σε έρευνες για τη Νεολιθική Εποχή στην Κύπρο, ανακαλύφθηκαν ευρήματα και στο Φρέναρος και σημειώνεται πως η ανακάλυψη έγινε από τη Σουηδική Αποστολή στην Κύπρο. Ο Άντρος Παυλίδης αναφέρει τον οικισμό ως ένα από τους κυριότερους και αντιπροσωπευτικότερους της Νεολιθικής ΙΑ Περιόδου (ακεραμική ή προκεραμική περίοδος) που χρονολογείται ανάμεσα στο 7000-5300 π.Χ. Παρόμοια πληροφορία δίνει και ο Νέαρχος Κληρίδης, που σημειώνει πως στην περιοχή του Φρενάρου υπήρχε παμπάλαιος συνοικισμός, στον οποίο βρέθηκαν αντικείμενα της Νεολιθικής Εποχής, δηλ. της 4ης χιλιετηρίδας π.Χ..
Τις ανασκαφές που έγιναν από τη Σουηδική αποστολή θυμούνται ακόμα και σήμερα μερικοί ηλικιωμένοι κάτοικοι του χωριού. Ο Γεώργιος Σιοπαχάς, 89 χρονών σήμερα, αναφέρει πως θυμάται κατοίκους του Φρενάρου που εργάζονταν ως εργάτες στην ανασκαφή. Ο Σπύρος Καραολής, 90 χρόνων, θυμάται ακόμα πως ένας Σουηδός αρχαιολόγος αγόραζε από κατοίκους του χωριού πέτρινα μαχαιράκια που έβρισκαν στην περιοχή αυτή, προς δύο σελίνια το ένα.
Η παλαιότερη αναφορά στο Φρέναρος, που έχει εντοπιστεί, ανάγεται στα χρόνια της Βενετοκρατίας (1489-1571). Σύμφωνα με βενετικά έγγραφα υπήρχαν δύο χωριά, το Cato Frenaro (Κάτω Φρέναρο) και Apano Frenaro (Απάνω Φρέναρο) που το 1498 ανήκαν στη βασιλική περιουσία. Μια άλλη βενετική πηγή, που προέρχεται από το Δημοτικό Μουσείο Correr, αναφέρει μόνο το χωριό Kato Frenara. Από την απογραφή του πληθυσμού της Κύπρου που έγινε το 1565 και αναφέρεται σε έγγραφα του κρατικού αρχείου Βενετίας, πληροφορούμαστε ότι τo Kato Frenara είχε 46 απελεύθερους και το Apano Frenara 60. Σημειώνεται πως στις απογραφές των Ενετών καταγράφονταν μόνο οι απελεύθεροι (Φραγκομάτοι) αρσενικού γένους και όχι οι δουλοπάροικοι. Αυτή είναι και η τελευταία πηγή στην οποία αναφέρεται το Φρέναρος ως Πάνω και Κάτω. Πιθανόν, αργότερα, ο ένας από τους δύο οικισμούς να απερημώθηκε, οπότε δεν υπήρχε πια λόγος για αναφορά σε πάνω και κάτω χωριό και έμεινε μόνο η ονομασία Φρέναρος.
Πηγές: Διπλωματική Εργασία Μαριάννας Σιοπαχά " Φρέναρος Ιστορία και Πολιτισμός"
(Μεγάλη Κυπριακή Εγκυκλοπαίδεια, ό.π. σ. 324, Cyprus Department of Antiquities Report 1934, σ.6, Παυλίδης, Α., Ιστορία της νήσου Κύπρου, Τόμος Α΄, εκδ. Φιλόκυπρος, Λευκωσία 1991,σ.16, Κληρίδης, Ν. , Χωριά και Πολιτείες της Κύπρου, Λευκωσία 1961, σ.246. Όλες οι πληροφορίες για το Φρέναρος κατά την Βενετοκρατία παραχωρήθηκαν από την ιστορικό ερευνήτρια του Κέντρου Επιστημονικών Ερευνών Νάσα Παταπίου).